Akademik Veri Yönetim Sistemi
Emirik M., Özdemir M.(Yürütücü)
TÜBİTAK Projesi, 2023 - 2024
Alzheimer hastalığı (AH), hafıza, düşünme ve davranış sorunları yaratan geri dönüşü olmayan bir beyin hastalığı
türüdür. AH genellikle beyindeki nörotransmitter asetilkolin (ACh) miktarındaki bir eksiklik ile karakterize edilir.
Bu nedenle, kolinesteraz inhibitörleri (ChE), AH tedavisinde kullanılan en önemli farmakolojik ajanlardır. Şimdiye
kadar, ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA), AH tedavisi için beş ilacı onayladı. Bunlardan dördü (takrin, donepezil,
rivastigmin ve galantamin) AChE antagonistleri iken biri (memantin) N-Metil-D-Aspartat (NMDA) reseptör
antagonistidir. Tıbbi ada çayı olarak da bilinen Salvia officinalis, ada çayının ilaç sektöründe yaygın olarak
kullanılan türüdür. Halk arasında ve bazı doktorlar tarafından Alzheimer ve demans hastalıklarının gelişiminin
önlenmesinde etkisi olduğu düşünülmektedir. Bitki ekstraklarının kolinesteraz inhibisyonu in vitro olarak
çalışılmış ve önemli sonuçlar elde edilmiştir. Ayrıca bazı doğal bileşiklerin in silico analizleri de yapılmış olmasına
rağmen doğrudan adaçayı bitki içeriğinin in silico kolinesteraz inhibisyonu literatürde çalışılmamıştır.
Bu çalışmada adaçayında bulunan biyoaktif bileşenlerin kolinesteraz enzimi inhibisyonu üzerindeki etkisi,
moleküler kenetleme (Docking) yöntemiyle teorik olarak incelenecektir. Bu amaçla AcHE enzim yapısı protein
veri bankasından indirilerek, adaçayı bitkisinde yaygın olarak bulanan fitokimyasallar için Schrodinger Suite
(2018.1) programı kullanılarak bağlanma skorları ve etkileşimleri belirlenecektir. Ayrıca FDA tarafından
onaylanmış AChE antagonist ilaç referans olarak kullanılarak karşılaştırmalı kenetlenme analizi yapılacaktır. En
düşük skorlara sahip moleküllerin insan AcHE enziminin aktif bölgesi için Desmond programı kullanılarak
moleküler dinamik simülasyon uygulanacaktır. Kenetleme çalışmaları için RTEÜ Fen Edebiyat Fakültesi Kimya
bölümü Hesaplamalı Kimya Laboratuvarında bulunan Ubuntu 20.04 işletim sistemli Intel CORE i7 tabanlı
HPZ230 iş istasyonu kullanılacak, MD çalışması için ise Tübitak Truba alt yapısı kullanılacaktır.
Proje dahilinde bir yürütücü ve bir danışman çalışacak olup literatürde belirlenen adaçayı içeriği fitokimyasallar
ile sınırlandırılacaktır.
Kimyasal içerik zenginliği ve halk arasında sağlık alanındaki kullanımından dolayı ada çayının AH tedavisi veya
önlenmesi üzerine moleküler düzeydeki etkinliği literatüre kazandırmak amacıyla SCI-Exp kapsamında bir yayın
oluşturulması düşünülmektedir. Ayrıca sonuçlara göre doğal bileşik havuzu genişletilerek TUBİTAK 1002, BAP
veya TAGEM projeleri için zemin hazırlanacaktır.