Lactococcus garvieae suşlarinin tüm genom dizilemeleri ve genomik analizlerinin belirlenmesi


Creative Commons License

KUMRU S. (Yürütücü), BALTA F., KALINDAMAR Ş.

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2020 - 2022

  • Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
  • Başlama Tarihi: Aralık 2020
  • Bitiş Tarihi: Aralık 2022

Proje Özeti

Lactococcus garvieae Gram-pozitif kok seklindeki bir bakteridir. L. garvieae sistemik hastalıklara neden olan kok hastalığının etken ajanıdır. Hastalığa neden olan bakterilerin tanımlanması, bakteriyel patojenite ve enfeksiyonların tedavisinin anlaşılmasında gelişmiş tüm genom dizileme teknolojisi önem arz etmektedir. Bu proje çalışmasında, daha öncesinde L. garvieae olarak rapor edilen hastalık etmeni patojen bakteri izolatlarının tüm genom dizilimi ortaya çıkarıldı. Tüm genom analizi sonucunda, bakterilerin L. garvieae değil L. petauri olduğu tespit edilmiştir. RAST ile yapılan tüm genoma ait analiz sonucunda, protein, fatty acids, amino acids ve carbohydrates metabolizması gibi yapısal alt sistemlerdeki protein sayılarında farklılıklar bulunmaktadır. Yapılan analiz sonucunda bakteri suşlarında farklı sayıda genomik adalar ve proteinler tespit edildi. Bacitracin dirençli bcrA geni yalnızca bu projede tüm genomu ortaya çıkarılmış bakteri suşlarında bulunmakladır. Yapılan çalışmada, 6 bakteri suşlarından 1575 tane ortak gen kümesi tespit edildi. Virülans faktörü analizi sonucunda 6 bakteri de bulunan ortak 66 gen ve bakterilere özgü virülans faktörler tespit edildi.