Akademik Veri Yönetim Sistemi
Karaman R.(Yürütücü), Emirik M.
TÜBİTAK Projesi, 2025 - 2025
Benzimidazolon türevi bileşiklerin antiviral, antiHIV, antinosiseptif, antibakteriyel, antifungal, antikanser gibi pek çok özellikleri bulunmaktadır. Proje kapsamında, piperazin, diasetat, asetohidrazit, tiyosemikarbazid ve triazol halkası içeren 7 tanesi orijinal 8 tane benzimidazolon türevi bileşik klasik yöntemle sentezlenecek ve yapısı FT-IR, 1H-NMR ve 13C-NMR ile aydınlatılarak literatüre kazandırılacaktır. Sentezlenen bileşiklerin antikanser özellikler VEGFR-2 ve EGFR proteinlerini inhibisyon potansiyeli üzerinden in silico yöntemler ile değerlendirilecektir. Hedef proteinlerin seçilmesinde literatür taraması ve PharmMapper, LigTmap ve PassOnline gibi online hedef tarama (Target Fishing) web serverleri kullanılmıştır. In silico çalışma moleküler Docking ve Moleküler Dinamik (MD) simülasyondan oluşmakta olup bunun için Schrodinger Maestro programının IFD/GlideXP ve Desmond modülleri kullanılacaktır. Hedeflenen proteinlerin üç boyutlu X-ışını kristal yapısı, protein Veri Bankasından VEGFR-2 için 4ASD ve EGFR için 6V6O PDB kodu kullanılarak indirilecek, referans ilaç moleküller de dahil sentezlenen tüm moleküller docking işlemine tabi tutulacaktır. Elde edilen enzim-ligant komplekslerinden standart ilaç molekülüne kıyasla daha iyi veya yakın docking skoruna sahip olanların en az 2 tanesi için 100 ns’lik MD simülasyon gerçekleştirilecektir. Proje ekibinde bir yürütücü ve bir danışman görev alacak olup, sonuçlardan bir SCI-/SCI-Exp makale ve bir bitirme çalışması çıkarılması beklenmektedir.