Akademik Veri Yönetim Sistemi
Giuliano G.(Yürütücü), Boyacı H. F., Ünlü A., Kabaş A., Özalp R., Çelik İ., et al.
UFUK 2020 Projesi, 2016 - 2021
Patates, domates, biber ve patlıcan Avrupa’da üretilen
bahçe bitkilerinin %66’sını kapsamakta olup, patates tek başına dünyada 800 milyondan
fazla insanın tükettiği bir üründür. Bu dört ürün Solanaceae ailesine ait olmakla birlikte, biyoçeşitlilik merkezleri
domates ve patatesin Güney Amerika, biberin Orta Amerika, patlıcanın ise Güneydoğu
Asya ve Afrika’dır. Bunların zamanla Avrupa’ya taşınması genetik çeşitliliğin
azalmasına, iklim ve diğer zararlılara karşı hassasiyetini artmasına neden
olmuştur. 19. Yüzyılda İrlanda’da Phytophthora
infestans patojeni nedeniyle görülen “büyük patates kıtlığı” bu tür
duyarlılıklar nedeniyle görülen trajik örneklerden birisidir.
HORIZON2020- (H2020-SFS-2015-2- Sürdürülebilir Gıda
Güvenliği Çağrısı) kapsamında Avrupa Birliği tarafından fonlanan G2P-SOL
projesi, 4 kıtadan 19’u tam üye ve 20 ortak olmak üzere bir araya gelen
gruplardan oluşan küresel bir birliktelik projesidir. Proje, AB Ufuk 2020
kapsamında 6,9 milyon € bütçe ile desteklenmiş ve Mart 2016-Aralık 2021
tarihleri arasında yürütülmüştür. Değişen çevre koşulları ve yeni zararlılar
karşısında sürdürülebilir tarım için bu dört ürünün genetik kaynakların
anlaşılması ve kullanılması anahtar rol oynamaktadır. Kamuya açık olan genetik
kaynaklar hakkındaki bilgi eksiklikleri ve farklı koleksiyonlarda oluşan
duplikasyonlar, bu materyallerden yararlanmayı engellemektedir. G2P-SOL, Solanaceae familyasının dört ana ürünü
olan patates, domates, biber ve patlıcanın yer aldığı Avrupa ve Uluslararası
gen kaynak depoları ile genom, fenotipleme ve ıslahı çalışmalarında faaliyet
gösteren kamu ve özel kuruluşlardan oluşan büyük bir araştırma ittifakıdır. Bu
konsorsiyum içinde 80.000'in üzerinde genotip bir araya getirilmiştir. G2P-SOL
ilk olarak dünyadaki gen bankalarında bulunan materyaller için “genetik
özelliklerini içeren bir kopya” oluşturmuş ve mevcut genetik kaynaklar ile
duplikasyonları da kapsayan bir katalog hazırlanmıştır. Bu geniş koleksiyondan
her ürünü temsil edecek şekilde kültür ve yabani genotipleri içeren 400’ün ürerinde
aksesyondan çekirdek koleksiyonları oluşturulmuştur. Bu koleksiyonlar
genotipleme/yeniden dizileme ve fenotipik karakterizasyona (tarımsal/kalite
özellikleri, metabolomik, biyotik ve abiyotik streslere tolerans) tabi
tutulmuşlarıdır. Veriler GWAS analizi için kullanılmış ve incelenen özellikleri
kontrol eden yeni lokuslar tanımlanmıştır. Bu bilgiler son kullanıcılara (bilim
insanları, ıslahçılar, üreticiler vb.) yönelik hazırlanan bir platformda
toplanmıştır (G2P-SOL-gateway). G2P-SOL projesi ile tüm bu genetik materyaller
detaylı olarak karakterize edildiğinden genetik çeşitliliğin en etkin bir
şekilde korunması sağlanmıştır.