Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GÜLŞAH ALTAN
Danışman: Osman Birol Özgümüş
Özet:
Riskli hasta gruplarında morbitide ve mortaliteye
neden olan Pseudomonas aeruginosa fırsatçı
bir patojendir. Bu suşlarının arasında karbapenemazların
yayılması neden olduğu enfeksiyon hastalıklarının tedavisini zorlaştırmaktadır.
Bu tez
çalışmasında, Ekim
2021 ile Mart 2023 tarihleri arasında Kocaeli Üniversitesi Araştırma ve
Uygulama Hastanesi Merkez Laboratuvarı Bakteriyoloji Birimi’nde çeşitli klinik
örneklerden izole edilen 47 adet karbapeneme dirençli P. aeruginosa (KDPA) izolatının moleküler epidemiyolojisinin
araştırılması amaçlanmıştır. İzolatlarının identifikasyonu ve bazı antibiyotiklere (imipenem, meropenem,
aztreonam, amikasin, netilmisin, tobramisin, piperasilin,
piperasilin/tazobaktam, seftazidim, sefepim, siprofloksasin ve levofloksasin) karşı duyarlılık testleri VITEK® 2 Compact
otomatize sistemle yapılmıştır. İmipenem/meropenem-EDTA kombine disk yöntemi ile izolatların
metallo-beta-laktamaz (MBL) üretimi araştırılmıştır. Sıvıda çiftleştirme
yöntemi ile konjugasyon deneyleri yapılmıştır. Alkali lizis yöntemi ile plazmit DNA izolasyonu
gerçekleştirilmiştir. Disk difüzyon
yöntemi ile transkonjugantlardaki ko-transfer edilen antibiyotik dirençler belirlenmiştir.
Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile karbapenemaz genleri (blaIMP, blaVIM,
blaNDM, blaKPC ve blaOXA-48), integron gen
kasetleri (sınıf 1 ve sınıf 2) ve virülans genleri (lasR
ve rhlR) araştırılmıştır. İzolatların
klonal ilişkileri ERIC (Enterobacterial
Intergenic Repetitive Consensus)-PZR’dan elde
edilen DNA parmak izi analizlerinin değerlendirilmesiyle araştırılmıştır. Karbapeneme
dirençli P. aeruginosa izolatlarının en dirençli olduğu antibiyotik levofloksasin
olarak belirlenmiştir. En düşük direnç oranı tobramisin, gentamisin ve amikasine karşı gözlenmiştir.
Yirmi beş (%53,2) izolatta MBL üretimi tespit edilmiştir.
Konjugasyon deneylerinde 12 (%25,5) izolatta
konjugatif direnç plazmiti
belirlenmiştir. İzolatların
%90’ında PZR ile lasR ve rhlR biyofilm genleri tespit edilmiştir.
Altı (%12,8) izolatta blaVIM geni, beş (%10,6) izolatta blaNDM
geni, üç (%6,4) izolatta blaOXA-48
geni saptanmıştır. blaKPC
ve blaIMP genleri
tespit edilmemiştir. İntegron-spesifik PZR’larda 39 (%82,9) izolatta intI1
geni pozitifken, 24 (%51)’ ünün sınıf 1 integron gen kaseti taşıdığı
belirlenmiştir. Konjugatif plazmit içeren izolatların altısının sınıf 1
integron gen kaseti taşıdığı saptanmıştır. KDPA izolatlarında sınıf 2 integronlara
rastlanmamıştır. ERIC-PZR paternlerinin dendogram analizinde KDPA izolatları
arasında klonal benzerlik olmadığı ve izolatların çapraz bulaş ile yayılmadığı
belirlenmiştir. Sonuç olarak, KDPA izolatlarının çoğunun karbapenemler
haricinde diğer antibiyotik gruplarına da yüksek oranda direnç gösterdiği ve
bazı dirençleri (seftazidim, sefepim,
siprofloksasin, levofloksasin, piperasilin-tazobaktam) konjugatif direnç
plazmitleriyle ko-transfer edebildiği görülmüştür. Klinik arenada salgına neden
olabilecek potansiyeldeki bu suşların direnç gen rezervuarlarında moleküler
epidemiyolojik olarak takip edilmesinin yararlı olacağı düşünülmektedir.