Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı (Yl), Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Erva Esmer
Danışman: Osman Birol Özgümüş
Özet:
Bu çalışmada çevre
kirliliği açısından indikatör organizmalar olarak bilinen Pelophylax sp. cinsine ait kurbağalardan elde edilen, kloak
orijinli enterik bakterilerde antimikrobiyallere direnç prevalansının
belirlenmesi ve moleküler analizi amaçlanmıştır. Türkiye'nin Doğu Karadeniz
Bölgesi'ndeki altı ilin, (Samsun, Ordu, Giresun, Trabzon, Rize ve Artvin)
farklı ekolojik koşullara sahip üç istasyonundan genç, erkek ve dişi olmak
üzere toplam 54 kurbağa bireyi yakalandı. Kloakal sürüntü örneklerinden 160 bakteri
izole edildi ve bakteri türleri biyokimyasal testler, otomatize sistem (VITEK 2)
ve matriks destekli lazer
desorpsiyon/iyonizasyonu kütle spektrometri (MALDI-TOF-MS)
yöntemleri ile tanımlandı. Toplamda 160 suşta 15 farklı cinse ait türler saptandı.
On iki farklı antibiyotiğe karşı disk
difüzyon yöntemiyle antimikrobiyal duyarlılık testleri yapıldı. Bakteri
türlerinde en yüksek direnç oranı ampisilin ve sefazoline karşı iken, en düşük
oran kloramfenikol ve tetrasikline karşı olduğu belirlendi. Antimikrobiyal
direncin altında yatan mobil genetik elemanlardan sınıf 1 ve/veya sınıf 2
integron gen kasetleri, kaynatma yöntemi ile DNA elde edilerek PZR yöntemi ile tarandı.
Suşların birinde (E. coli, S1C2) IntI1 geni pozitif, boş bir sınıf 1
integron tespit edildi. Direnç geni taramalarında sekiz suşta blaTEM, dört suşta blaSHV geni pozitif olarak
belirlendi, tetrasikline dirençli iki suşta tetA
geni saptandı. Kinolon dirençli üç suştan bir Klebsiella suşunda (Klebsiella pneumoniae A1B1), gyrA geninin Ser83Thr değişimi belirlendi.
Ayrıca
iki Klebsiella suşunda (Klebsiella pneumoniae A1B1, Klebsiella oxytoca G1C3) parC geninde Glu84Val
mutasyonu saptandı. Plazmit aracılı kinolon direnç genleri tespit
edilmedi. Farklı lokasyonlardan izole edilen fekal koliform (E. coli) suşlarının klonal yakınlıkları
pulsed field gel elektroforezi ile belirlendi. Pelophylax gibi kozmopolit bir türün barsak mikrobiyotasındaki
çoklu dirençli enterik bakterilerden bir
suşta sınıf 1 integron varlığının tespit edilmesi ve bu genetik elemanın boş
dahi olsa, farklı çevrelerdeki bakterilerden antibiyotik direnç genleri
yakalayarak çoğul dirençli hale gelme ve bu genetik elemanları kara ve su
ekosistemlerinde var olan diğer bakterilere de aktarabilme potansiyelinin
olması halk sağlığı için bir risk oluşturabileceğini düşündürmektedir.