Paenibacillus larvae bakteriyofajlarının izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve farklı suşlarına karşı etkinliğin belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ARİF BOZDEVECİ
Danışman: Şengül Alpay Karaoğlu
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Paenibacillus larvae, Amerikan yavru çürüklüğüne(AYÇ) neden olan ve bal arısı kolonilerini etkileyen Dünya çapında bildirilmesi zorunlu olan bir hastalıktır. Bakteriyofajlar, bakterileri enfekte eden virüsler olarak çevrede bulunan bakterilerin doğal kontrolörleridir. Son zamanlarda Paenibacillus larvae'ları hedef alan bakteriyofaj çalışmaları, umut verici alternatif tedavi yöntemi olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışma Türkiye'den izole edilen P. larvae suşlarını enfekte ederek parçalayabilen yeni bakteriyofajların morfolojik ve moleküler yapısının belirlenmesi için yapıldı. Bakteriyofajların konak aralığı ve özgüllüğü, patlama boyutu, litik aktivitesi ve morfolojik özellikleri belirlendi. Yeni nesil dizilemeyle tüm genom analizinin yapılması, fonksiyonel gen bölgelerinin belirlenmesi ve karşılaştırılmalı genomik analizi yapılarak filogenetik ağaçları oluşturuldu. Virüs taksonomik adlandırma kurallarına göre iki fajın isimlendirilmesi (vB_PlaP_SV21 ve vB_PlaM_Pd22F) yapıldı. Paenibacillus faj SV21'in moleküler analizinde, %39.33 GC içeriğine sahip, 44949 bp lineer dsDNA genomuna ve 77 kodlama bölgesine sahip olduğu belirlendi. Paenibacillus faj Pd22F'nin %50,68 GC içeriğine sahip 86388 bp linear dsDNA genomuna ve 124 kodlama bölgesine sahip olduğunu belirlendi. vB_PlaP_SV21'in Podoviridae, vB_PlaM_Pd22F'nin ise Myoviridae familyasında yer aldığı belirlendi. Çalışmadaki fajlar, Türkiye'den izole edilerek tüm genom dizisi GenBank'a kaydedilen ilk Paenibacillus fajlarıdır. Ayrıca P. dendritiformis türünden izole edilerek morfolojik ve moleküler karakterizasyonu yapılarak literatüre kazandırılan ilk faj bildirimi olması açısından da önemlidir.