Türk çay çeşitlerinin kloroplast matK gen bölgeleri bakımından karşılaştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyoloji (Yl), Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: YEŞİM BİNİCİ
Danışman: Fatih Şaban Beriş
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bitki ıslahı, geliştirme ve tanımlama çalışmalarında kullanılagelen nüklear DNA markırlarının yanı sıra kloroplast genomuna ait markırların kullanımı önemlidir. Bu markırların içerisinde sıklıkla kullanılan matK bölgesinin analizi de bu noktada değer kazanmaktadır. Bu çalışma ile ilk defa Türk çay çeşitlerinin kloroplast matK gen bölgelerine ait DNA dizileri ortaya çıkarılmıştır. Çalışmada, RÇBKAE'nden temin edilen ve laboratuvar stoklarımızda bulunan Derepazarı, Pazar-20, Muradiye-3, Gündoğdu, Zihni Derin, Tuğlalı-10, Hamzabey, Hayrat, Enstitü-1 ve -2 olmak üzere 10 çay klonu materyal olarak kullanılmıştır. Yapılan PZR'de yaklaşık 1500 bp'lik amplikonlar elde edilmiş ve DNA dizi analizi yapılmıştır. Sonuçlarımıza göre Türk çay klonlarının matK dizileri arasında yüksek oranda fark olmadığı görülmüştür. Yapılan BioEdit karşılaştırmasında Gündoğdu klonunda 7, Muradiye-3 klonunda 2, Pazar-20'de 6, Enstitü-1 klonunda 44, Enstitü-2 klonunda 33, Zihni Derin klonunda 1 ve Tuğlalı-10 klonunda ise 3 noktada mutasyonal farklılık belirlenmiştir. Bu değişimlerin 67'sinde transversiyon, 30'unda transisyon ve 4 noktada da hem transisyon hem de transversiyon olduğu saptanmıştır. En fazla değişikliğin tespit edildiği genotip Enstitü-1 olarak belirlenmiştir. Muradiye-3 genotipinde 2, Gündoğdu'da 1, Pazar-20'de 1, Enstitü-1'de 39 ve Enstitü-2'de 28 noktada görülen değişimler genotiplere özgü olarak belirlenmiştir. ML analizine göre, Derepazarı, Hayrat ve Hamzabey genotiplerinin birbirlerine ve Camellia sinensis ile benzerliği %100 olarak bulunmuştur. Zihni Derin genotipi %99,9 ile C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey ve Hayrat klonlarına benzemektedir. Muradiye-3 klonu % 99,7 ile C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey ve Hayrat klonlarına, Tuğlalı-10 %99,6 oranda C. sinensis, Derepazarı, Hamzabey ve Hayrat klonlarına ve Gündoğdu ise %99 oranla da C. sinensis, Derepazarı ve Zihni Derin klonuna benzemektedir. En uzak benzerlik durumu ise %93 ile Enstitü-1 klonuna aittir. Sonuç olarak, daha önce kullanılan DNA'ya dayalı markırlarda olduğu gibi kloroplast DNA'sına dayalı markırlar da Türk çay genotiplerinin ayrımında kullanılabilir. Elbetteki cpDNA'da yer alan matK gen bölgesinin varyasyonu nedeniyle DNA'ya dayalı markırlara göre farklı sonuçlar elde edilebilir.